Un BDRemux "pilla" el vídeo tal cual está en el BD (o sea; si está con bandas negras, esas bandas negras van a aparecer también en el "BDRemux").
Esto no es ningún problema si lo reproduces en monitores 16:9; al fin y al cabo, los BDs también son 16:9, y las bandas negras, simplemente, formarán parte de la imagen, "y no te las pondrá" el televisor/monitor... pero no afectarán en modo alguno al visionado.
El problema podría surgir, por ejemplo, si se trata de una película con AR 4:3 en un monitor 4:3.
Ahí, en el BD tendrías "bandas negras en los laterales", que también se reproducirían en el monitor, lo que haría que tu imagen fuese más pequeña.
En teoría esto puede corregirse "por software", diciéndole al MKVToolnix (
https://forum.videohelp.com/threads/346 ... ost2163118 ) los valores del cropeo.
Ahora bien: una cosa es que "tú le digas al MKV" (por medio de MKVToolnix) que debe "cropearse" y otra que el reproductor que utilizas (sea por software -VLC en PC- o hardware -aparato reproductor en TV, etc.-) lo haga.
Esto no siempre es así.
Yo en los BDRemux hago la configuración correcta con MKVToolnix (indicando los cropeos, si los hay)... pero, aún así, bastantes reproductores "no se enteran".
Si lo vas a reproducir en monitores 16:9, olvídate del tema; no te afecta en absoluto.
En caso contrario, tendrás "problemas" de pérdida de "tamaño" en la reproducción cuando en monitores 2.35:1 reproduzcas BDRemux de vídeos 2.35:1, y en monitores 4:3 cuando reproduzcas vídeos 4:3 (por "raro" que parezca, es así... explicarlo me llevaría mucho tiempo y es posible que no me entendieses

- créeme y punto).
Como a día de hoy (creo) la mayoría de monitores/televisores son 16:9, la mayoría de usuarios no tendrán problemas ni aunque su reproductor no "reconozca" los cropeos que le "manda" MKVToolnix al MKV.